FC Metz được thành lập vào năm 1932 bởi sự sáp nhập của hai câu lạc bộ thể thao nghiệp dư, và ngay sau đó trở thành một đội bóng chuyên nghiệp; đội là một trong những đội bóng chuyên nghiệp lâu đời nhất ở Pháp. Nguồn gốc của đội bắt nguồn từ câu lạc bộ SpVgg Metz, được thành lập vào năm 1905 khi thành phố Metz là một phần của Đế quốc Đức. SpVgg Metz đã chơi ở giải hạng nhất Westkreis-Liga trong mùa giải năm 1913–14, trước khi Chiến tranh thế giới thứ nhất bùng nổ, giải đấu phải tạm dừng. Một số cầu thủ của câu lạc bộ này là một phần của Cercle Athlétique Messin vào năm 1919, sau đó trở thành FC Metz vào năm 1932. Đội là một trong những câu lạc bộ thành công nhất trong Division d'Honneur - Lorraine, giành chức vô địch vào các năm 1920, 1921, 1922, 1924, 1926, 1927, 1929 và 1931.

Câu lạc bộ đã chơi ở giải hạng hai phía bắc của Pháp từ năm 1933, vô địch giải đấu vào năm 1935 và lần đầu tiên được thăng hạng lên Ligue 1. Đội bóng này đã trở thành một bên giữa bảng ở giải hạng nhất cho đến khi chiến tranh bùng nổ làm ảnh hưởng đến lối chơi một lần nữa. FCM đã không tham gia các giải đấu cấp khu vực từ năm 1939–40.

Trong Thế chiến thứ 2, Moselle département bị sáp nhập bởi Đức, câu lạc bộ phải chơi bằng cái tên là FV Metz ở giải đấu Gauliga Westmark. Trong ba mùa giải từ năm 1941 đến năm 1944, câu lạc bộ luôn luôn cán đích ở vị trí thứ nhì.

Mặc dù thành phố Metz bị quân đồng minh chiếm đóng vào mùa thu năm 1944, câu lạc bộ đã không tham gia giải bóng đá giải VĐQG Pháp vào năm 1944–45 mà trở lại Ligue 1 vào năm 1945–46, đứng thứ 17 trong số 18 câu lạc bộ. Việc mở rộng giải đấu lên 20 câu lạc bộ có nghĩa là đội không bị xuống hạng và thi đấu ở giải đấu cao nhất cho đến năm 1950, khi họ cán đích ở vị trí cuối cùng, kết thúc những mùa giải ở Ligue 1. Metz được cho phép ở lại Ligue 1 như một đặc ân do tình hình thảm khốc của nó sau chiến tranh: sân vận động bị hư hại, gần như không thể sửa chữa. Đội đã phải bắt đầu lại từ đầu một lần nữa.

Câu lạc bộ đã trở lại ngay lập tức, đứng thứ nhì tại Ligue 2, sau Lyon và trở lại hạng đấu cao nhất. FC Metz đã trở lại mạnh mẽ, với việc cán đích ở vị trí thứ 5 trong mùa giải đầu tiên. Sau đó, câu lạc bộ một lần nữa phải chiến đấu trụ hạng qua từng mùa giải, đứng thứ 19 vào năm 1958 và phải trở lại Ligue 2. Phải mất 3 năm ở giải đấu đó thì họ mới có thể trở lại Ligue 1 vào năm 1961, nhưng chỉ kéo dài đúng một năm. FC Metz đã trải qua năm mùa giải tiếp theo ở giải hạng hai.

FC Metz lên hạng nhất của bóng đá Pháp một lần nữa vào năm 1967; đội thi đấu ở đó cho đến khi bị xuống hạng vào năm 2001, mặc dù họ đã trở lại ngay lập tức và trở lại Ligue 1 vào mùa tiếp theo.

Sau khi thua trận lượt đi tại Cúp C1 châu Âu 1984–85 với tỷ số 4–2 trước Barcelona tại Stade Saint-Symphorien, nhiều người nghĩ rằng FC Metz sẽ bị vùi dập trên sân Camp Nou. Tuy nhiên, cú hat-trick của tiền đạo người Nam Tư, Tony Kurbos đã giúp họ có được chiến thắng 4–1 trong trận lượt về để đưa đội bóng Pháp tiến vào vòng trong với tổng tỉ số 6–5.

Năm 1998, đội đã tranh suất tham dự UEFA Champions League, nhưng để thua ở vòng ba trước đội bóng Phần Lan HJK Helsinki. Năm 2006, FC Metz bị xuống hạng, xếp cuối bảng, mặc dù thường xuyên có sự hiện diện của một gương mặt vô cùng triển vọng, Miralem Pjanić, người sau này chuyển đến gã khổng lồ Lyon, với mức phí 7,5 triệu euro. Vào cuối mùa giải 2011–12, Metz đứng thứ 18 tại Ligue 1 và phải xuống hạng sau trận hòa 1-1 trên sân nhà vào ngày 20 tháng 5 năm 2012 trước Tours. Tuy nhiên, ngày 31 tháng 8 năm 2012 (giờ địa phương), họ đã bị đánh xuống hạng 3 - Championnat National vì không đảm bảo được ngân sách hoạt động. Metz chỉ trải qua một mùa giải ở cấp độ này, xây dựng lại một đội bóng với cựu cầu thủ nổi tiếng Albert Cartier làm huấn luyện viên, giành quyền thăng hạng lên Ligue 2, và sau đó ngay lập tức về nhất và giành quyền thăng hạng lên Ligue 1. Thật không may, đội bóng lại xuống hạng ở Ligue 2, nhưng đã giành được thăng hạng trong mùa giải tiếp theo. Lần này, Metz đã kết thúc mùa giải ở vị trí thứ 14, trụ lại thêm một mùa giải nữa ở Ligue 1. Trong mùa giải 2017–18 Ligue 1, Metz đã trải qua một chuỗi trận kinh hoàng, thua 11 trong số 12 trận đầu tiên. Câu lạc bộ có sự tiến triển sau đó nhưng đứng cuối bảng và phải trở lại Ligue 2.

Vào ngày 26 tháng 4 năm 2019, Metz đã được thăng hạng trở lại Ligue 1 với việc xếp thứ nhất tại Ligue 2. Sự thăng hạng đã được định đoạt bằng chiến thắng 2-1 trước Red Star.